Настой синеголовника применяется при испуге (заикании), подёргивании век, кашле различного происхождения, коклюше, бессоннице, отёках, ревматизме, мочекаменной и почечнокаменной болезнях.
Настой травы применяют как отхаркивающее и успокаивающее средство при заболеваниях верхних дыхательных путей и легких и при кашле с трудно отделяемой мокротой.
Народная медицина рекомендует траву синеголовник при ослаблении деятельности сердца и появлении отеков, при мочекаменной болезни, воспалительных заболеваниях печени, эпилепсии и коклюше.
Положительный эффект настоя травы наблюдается при головной боли, ревматизме, желудочных коликах и зудящих дерматозах.
Синеголовник чертополох используют также при водянке и половых расстройствах.